◆內科部 包含心臟內科、腸胃內科、腎臟內科、胸腔內科、新陳代謝科及內分泌科、感染科、血液腫瘤科、風濕免疫科、等十個科及加護病房等醫療科單位，此外，尚包含心導管室、心功能檢查室、肺功能室、內視鏡室、腹部超音波檢查室、血液透析室及腹膜透析室等檢查治療單位。 本科特色為兼重基礎及臨床，除提供病患高品質之服務水準外，更著重培養具有獨立診斷及分析能力之醫師，傳承「人本醫療、尊重生命」的精神，培育視病猶親的良醫。教學品質一流，專科醫師錄取率優異。 ◆外科部 包含一般外科、泌尿科、神經外科、心臟血管外科、胸腔外科、整型外科、大腸直腸外科、小兒外科、骨科、消化外科以及手術室與加護病房等醫療單位。各外科系除具備專業醫療團隊與尖端儀器設備外，各項手術均積極發展「微創醫療」，以最低傷害獲得最佳治療效果，使病患術後身體復原快，傷口小而美，同時也降低疼痛感。 ◆婦產部 婦產部產科分娩技術，深受民眾信任，產前診斷、高層次超音波檢查及高危險妊娠的處理更是有口皆碑。婦癌內視鏡手術，子宮鏡可診斷治療子宮內膜息肉、肌瘤及內膜癌。而腹腔鏡已進展至單孔腹腔鏡手術及婦癌的分期手術。婦癌的治療更具特色，每個病例皆經過婦癌團隊（包括婦科、放射腫瘤科、血液腫瘤科、影像醫學科、病理科醫師…等）詳細討論，根據最新版的台北慈濟醫院婦癌治療指引，提供病人最好的治療方式。同時，在生殖內分泌、婦女泌尿及試管嬰兒中心的設置，亦有良好的治療效果。 ◆兒科部 以每個來診的兒童都能處理為目標。目前小兒內科有小兒心臟、新生兒、小兒腸胃、小兒神經、小兒遺傳、小兒代謝內分泌、小兒過敏、感染及重症等次專科，同時與小兒外科、小兒泌尿、小兒復健、小兒精神進行橫向的聯繫，成為完整的兒童醫療團隊。 本院為新北市出生數最高的醫療院所，新生兒的照護是本科醫療特色之一，對於高危險妊娠新生兒及早產兒的照顧，成績媲美醫學中心，並獲早產兒基金會的青睞，加入醫療照護成果登錄計畫。本科結合小兒遺傳代謝、小兒神經、小兒復健發展出特殊罕見或身心障礙兒童的診治團隊，至今已診治約80種特殊個案，也是本科一大特色。 ◆急診部 急診是醫院的大門，24小時為病患服務，只要病患認為有緊急的需要，急診團隊會在第一時間盡一切的努力照顧病患，令家屬安心，把握每一次助人的機會，展現醫者的慈悲。 本院通過評鑑為重度級急救責任醫院，也是新北市消防局行動急診室專案合作醫院，鄰近秀朗橋，北二高，遇有重大外傷患者，本院有創傷小組醫師團隊接手進行緊急手術，心肌梗塞及中風的患者，本院立即啟動救心小組，中風小組及加護病房重症醫療團隊，在黃金時間內共同搶救生命。 ◆麻醉部 提供病患手術前後全方位的醫療諮詢與照護。業務如下：麻醉衛教諮詢門診與術前訪視、臨床麻醉、麻醉品質管控、術後訪視、疼痛治療服務、特殊檢查麻醉及參予急救小組提供氣管內管插管及中央靜脈導管置術等服務。 麻醉部疼痛科，除提供慢性疼痛門診服務、特殊介入性治療。 ◆牙科部 於94年7月成立迄今，規劃有全人牙科、牙周病科、贗復牙科、口腔顎面外科、齒顎矯正科、兒童牙科、牙髓病科、以及身心障礙牙科等次專科。本科以全方位專業團隊及精良的設備環境，本著 證嚴法師服務眾生及全人照顧之理念，給予民眾必要的口腔醫療照護。除此之外，本科亦持續於研究及教學領域發展，以求在醫療新知及技術上不斷提昇，增進病患福祉，持續提供高品質的牙科服務。 ◆中醫部 提供病患完善的治療，推廣社區養身保健，提供身、心、靈之整體醫療服務。服務項目： 內科：科學中藥及傳統飲片治療感冒、過敏性鼻炎、咽腫痛、慢性支氣管炎、氣喘、胃痛、消化不良、消化性潰瘍、失眠、頭痛、肝病、BC型肝炎、皮膚病、疔瘡腫毒、腎炎、高血壓、糖尿病、心血管疾病、內分泌疾病、骨關節疾病。 婦兒科：月經不調、痛經、子宮內膜異位症、產前產後調理、更年期症候群、白帶、安胎、小兒感冒、氣喘、過敏性體質、消化不良、體質調養、便秘、蕁麻疹、異位性皮膚炎。 針灸骨傷科：針灸、艾灸、耳針、拔罐、三伏貼、放血、薰洗、熱敷、正骨整脊、理筋手法等療法、治療各種中風後遺症、各種運動傷害、急慢性扭挫瘀傷、落枕、胸椎關節半脫位、腰扭傷、腳踝扭傷腫脹瘀血、運動傷害、關節疼痛、各類痛症治療、退化性關節疾病、神經痛、跌打損傷、工作及職業引起之重複性損傷、筋骨僵緊酸痛。 ◆社區暨長照服務部 設有老年醫學科、預防醫學中心、失智服務中心、失能服務中心與居家服務中 心，提供社區營造、篩檢活動、偏鄉醫療、社區衛生教育、健康促進活動及疾病預防、檢查相關服務。 ◆獨立科系 有眼科、耳鼻喉科、神經科、皮膚科、家庭醫學科、職業醫學科、復健科、身心醫學科、核子醫學科、放射腫瘤科、放射診斷科、解剖病理科、臨床病理科，方便民眾就醫與諮詢。 ◆醫療中心 秉持符合民眾需求及研究創新的理念，本院成立生殖醫學中心、周邊血管中心、婦女保健中心、醫學美學中心、癌症中心、腹膜血液透析中心、兒童發展評估復健暨研究中心、醫療復健輔具中心、膝關節健康促進中心、腦中風中心、感染控制中心、高壓氧治療中心、睡眠中心、肝病研究中心、微創手術中心、細胞工程幹細胞中心、心血管醫學中心，提供民眾完善的醫療服務。