< 沿革> 民國38年11月，當時有鑒於旗山地處偏遠，鄰近醫療資源極為缺乏，為便利居民就醫，在前高雄縣長黃劍棻等人的倡議下，乃命前旗山區署區長黃應樞先生籌創設立—高雄縣立旗山醫院，聘醫學博士吳基福先生為首任院長。42年10月30日由醫學博士吳基生先生接任，積極爭取美援，擴建院舍、充實設備，民國46年7月，改制為「臺灣省立高雄醫院旗山分院」；50年9月，升格為「臺灣省立旗山醫院」；88年7月，改隸行政院衛生署，102年7月配合行政院衛生署組織改造，本院正式改制更名為衛生福利部旗山醫院。 成立時暫假旗山區署二樓辦公，後向高雄農田水利會承租日式木造平房(原旗山水利分會)修建院舍，民國65年底本院始承購原址改建二層樓病房，增置手術室、分娩室、恢復室、嬰兒室、設置病床一百床。民國84年5月新建醫療大樓落成啟用，設有病床200床，醫院外貌煥然一新，硬體設備更上一層樓。民國88年12月新建精神科大樓新建完工啟用，設置急慢性病床120床。歷經新制健保制度改革，SARS封院改建傳染病專責醫院，莫拉克風災重創後，突顯偏鄉旗美九區醫療服務的重要性，地方各界及衛福部全力投注各項資源支持醫院進行整頓改革。不負眾望近年醫療業務大幅成長，為擴增醫療空間陸續增建長照大樓、行政大樓及擴建醫療大樓，總床數已達387床，並申請擴增28床急性床，109年度可全部開放使用總床數可達415床。 本院屬地區型綜合醫院並設置精神科及長期照護單位，肩負高雄旗美九區(包含旗山、美濃、內門、杉林、甲仙、六龜等河洛、客家區及那瑪夏、桃源、茂林等山地區)唯一提供24小時急診之醫療服務任務。 本院於民國七十九年經地區醫院評鑑合格。民國八十年躋身｢教學醫院｣，迄民國八十六年，連續三次經衛生署評鑑為合格｢地區教學醫院｣ 。99年獲行政院衛生署評定「新制醫院評鑑優等醫院」，103年再次獲得衛生福利部評定為「新制醫院評鑑優等醫院」，同時評定為「教學醫院評鑑合格醫院」，另於102年及107年持續通過「中度急救責任醫院」，持續改善偏鄉緊急醫療服務品質，守護旗美九區近13萬民眾的健康。 < 特色> 一、社區綜合醫院 為旗山地區規模最大、服務科別最完整的醫院，也是旗山、蕉城兩社區醫療群之合作醫院，並與旗山、六龜兩衛生所結合，組成高屏地區第一個「旗山社區公衛防疫群」。主辦「旗山鎮社區健康營造」，95年獲國民健康局評選為「全國特優」。 二、防疫動員醫院 設有完善之標準負壓隔離病房，平時為預防保健與醫療服務並重的社區醫院，一旦疫情流行時，則配合防疫政策啟動負壓隔離病房，轉型為「感染症動員醫院」，兼顧社區醫療與衛生防疫之社會責任。 三、南區社區醫學訓練示範中心 九十二年九月，本院成立全國第一家「南區社區醫學訓練示範中心」，與高醫、義大等醫院建教合作，代訓練住院醫師「社區醫學基本課程」、「社區醫療實務」課程，連續多年經醫策會訪查合格，且獲評為A級。